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Voici maintenant 5 ans que la légendaire cité d’Atlantis fut découverte par les Terriens, l’évolution des Anciens. Malgré cette technologie très avancée, ce petit groupe, menée par le Docteur Elisabeth Weir, parvint à survivre dans cette nouvelle galaxie, très loin de chez eux. Cependant, leur fascination et leur émerveillement du moment fut de courte durée, alors que les Wraiths furent réveillés par l’un des Terriens, John Sheppard, aujourd’hui leader militaire. Cet ennemi impitoyable, qui se nourrit de la force vitale des humains, a été crée indirectement par les Anciens. Il y a environ 10 000 ans, la guerre fut déclarée, et les Lantiens tentèrent d’éradiquer leur adversaire, mais en vain. De part leur nombre et leurs forces, les Wraiths gagnèrent la guerre, et envahir la galaxie de Pégase, hibernant pendant des siècles … jusqu’à leur réveil en masse, ces aliens quittant leur hibernation tous ensemble, au moment où John Sheppard tua la Sentinelle de ces créatures. Depuis ce jour, les Atlantes mettent tout en œuvre pour défendre la cité et les peuples de la galaxie, destinés à servir de nourriture pour ces prédateurs. Ils rencontrèrent différentes populations, plus ou moins évoluées, qui devinrent leurs alliés et amis, comme les Athosiens ou les Travelers. Mais, malgré la présence des Wraiths, d’autres ennemis firent leur apparition, entravant les Terriens dans leur soif de liberté. Ces derniers ont fait la connaissance des Geniis, peuple actuellement « allié », mais dont certains membres continuent leurs attaques incessantes et infructueuses. Ou encore, les Asurans, des réplicateurs d’apparence humaine, création des Anciens pour combattre les Wraiths. Pendant 5 ans, les Atlantes cumulèrent les succès mais également les échecs et les pertes importantes, comme Carson Beckett. Jusqu’au jour où les Réplicateurs attaquèrent Atlantis, obligeant les Terriens à fuir avec la cité. Une nouvelle vie commença, tout comme les soucis et les malheurs. Elisabeth Weir fut mortellement blessée, ne survivant que par la présence de nanites dans son corps, ce qui entraîna sa dispartion sur Asura pour protéger les autres membres de l’expédition. Après cette perte douloureuse, le Colonel Samantha Carter fut mutée sur Atlantis pour prendre sa place et soulager le fardeau de John Sheppard. Les Terriens continuèrent à explorer la galaxie pour trouver de nouvelles technologies, afin de combattre leurs ennemis. Grâce au talent du Docteur Rodney McKay, les Réplicateurs se concentrèrent sur les Wraiths, ce qui pourrait être une bonne nouvelle ... mais, ce ne fut pas le cas. Pour y arriver, les Asurans éliminèrent les populations humaines, garde manger des aliens. Alors que Samantha Carter occupe la place de leader depuis quelques mois seulement, eut lieu une étrange alliance entre les Atlantes, les Travelers et un groupe de Wraiths mené par Todd, une "connaissance" de John Sheppard, pour assurer la destruction d’Asura et des Réplicateurs. Ce fut un franc succès, grâce à une invention de Rodney McKay, et les Asurans furent rayer de la carte. Chaque race partit de son côté, jusqu’à ce que leurs routes se croisent à nouveau. D'autres aventures attendaient nos héros, comme l'anéantissement d'un laboratoire Wraith important, qui produisait une grande armée de ces monstres, ou encore la destruction de la station Midway, invention commune de Rodney McKay et de Samantha Carter. Un clône de Carson Beckett fut également découvert, création de Mickael, et ramené sur la cité, avant d'être cryogénisé en attendant un remède pour éviter à son organisme de mourir rapidement. Les malheurs des Terriens continuèrent quand un nouvel ennemi, bien connu, le demi Wraith Mickael enlève Teyla pour prendre le bébé qu'elle attend, afin de s'en servir à ses fins. Grâce à la mésaventure de John dans le futur, où il apprit ce qu'il se passait, il pû arriver avec son équipe sur la planète où l'Athosienne devait naissance à son fils, début du chaos. Cependant, à leur arrivée, Mickael n'était pas encore là, et avait piégé ses installations. Le batiment s'écroula sur les Atlantes, et une véritable mission de sauvetage, menée par Samantha Carter fut envoyée pour aller les chercher, avant que le vaisseau de Mickael n'arrive. Plus tard, alors que le leader militaire refuse de retourner sur la cité, celui-ci partit avec son équipe pour secourir Teyla. Mission accomplie, qui déboucha sur la naissance de son fils, aidé par Rodney McKay. Tous rentrèrent sains et sauf sur Atlantis, alors que Samantha Carter fit ses bagages pour retourner sur Terre, convoquée par les membres du Comité.

Ce forum débute peu après l'épisode 1 de la saison 5 : Search and rescue. Trois semaines se sont écoulées. John Sheppard vient de sortir de l'infirmerie, entièrement rétabli. Samantha Carter retourne sur la cité, mais elle n'a pas perdu son poste, Richard Woolsey ne lui ayant pas pris sa place. Teyla s'occupe de son petit garçon. Carson Beckett est sur le point de sortir de son long sommeil, Jennifer Keller ayant trouvé un remède contre le vieillissement de son organisme.

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